Nasjonalt miljøkvalitetsmål for Mjøsa er at innsjøen skal være en lavproduktiv (oligotrof) klarvannsjø i så nært samsvar som mulig med naturgitt produksjonspotensiale og biodiversitet. Det er også et mål at en opprettholder en økologisk status som mest mulig tjener alle brukerinteresser. Drikkevannsinteressene og kravene til et godt egnet råvann, samt Mjøsa som leveområde (biotop) for storaure og rike bestander av ishavsimmigranter, står sentralt. Naturgitt økologisk status må derfor så langt som mulig opprettholdes så vel i Mjøsa som i de store tilrennende elvene. Det vil si at Mjøsa i fremtiden bør ha høy økologisk status og tilrennende vassdrag høy eller god økologisk status.
På årsmøte i Styringsgruppa for overvåking av Mjøsa i juni 1998 ble det anbefalt kommunene å legge nedenstående miljømål til grunn for sin vannbruksplanlegging. Disse gjelder fortsatt.
A. Vannet skal være egnet som drikkevannskilde og tilfredsstille de bakteriologiske krav til råvann og badevann. Antall E.colimå ikke overstige 50 bakt. pr. 100 ml i strandkanten (badevann) og skal være mindre enn 2 bakt. pr. 100 ml i råvann.
B. Konsentrasjonene av tungmetaller og miljøgifter i spiselige deler av mjøsfisk og kreps må holdes innenfor Mattilsynets anbefalinger for fritt salg og konsum.
C. Mjøsa skal være i tilfredsstillende økologisk balanse i samsvar med de naturgitte forhold. Dette betyr også at istidsreliktene skal opprettholdes.
D. Siktedypet i Mjøsas sentrale hovedmasser skal være › 8 meter.
E. Den totale fosforverdien, tot. P, skal ikke overstige 5 µg/l på senvinteren.
F. Middelverdien av klorofyll a bør i vekstsesongen ikke overskride 2 mg/m3.
G. Max. algebiomasse skal ikke overskride 0,7 g våtvekt pr. m3. Midlere ‹ 0,4 g/m3.
H. Vannkvaliteten skal være tilfredsstillende for jordbruksvatning til bær og grønnsaker.
I. Tilløpselvene skal tilfredsstille bakteriologiske krav til badevann. Antall E.coli må ikke overstige 50 bakt. pr. 100 ml.
J. Konsentrasjonene av tungmetaller og miljøgifter i spiselige deler av fisk og kreps må også i elvene holdes innenfor Mattilsynets anbefalinger for fritt salg og konsum.
K. Tilløpselvene til Mjøsa skal opprettholde reproduksjonsforholdene for kreps og fisk.
L. De største tilløpselvene skal være i økologisk balanse nær naturtilstanden med stor biodiversitet.
M. Vannkvaliteten i elvene skal være tilfredsstillende for jordbruksvatning til bær og grønnsaker.